九华山位于南京市玄武区太平门内西侧,是钟山余脉西走入城的第一山丘,又名覆舟山、小九华山,北隔明城墙,毗邻玄武湖,山中有寺、山顶有塔、山畔有湖、山下有城。
九华山因山南建有小九华寺,以寺名中“九华”二字得名。亦名覆舟山,因其形状很像倒置的船而得名。春秋时期,名覆舟山。南朝刘宋时,更名玄武山。南朝陈时,又改为龙山,或龙舟山。隋唐至清,复称覆舟山。民初,又称卢公山。后改名九华山,至今。
南朝宋时期,称玄武山。一说是因为山在城北,当时宫城的北门名玄武门;另一说是因山在玄武湖旁,元嘉中有黑龙展现于后湖,以为是玄武之神,乃名后湖为玄武湖,改覆舟山名玄武山。不过,这两个名字影响不深,陈亡以后,人们仍呼为覆舟山。把覆舟山下的北郊坛移到宫城之北,辟为乐游苑,把西池也圈在里面,改名乐游池(其范围当在小营以北)。宋文帝刘义隆又以覆舟山以西之地为北苑,兴建楼观,经常召集群臣宴游赋诗,盛极一时。宋孝武帝刘骏时,在乐游苑内兴建正阳、林光两殿,还在山阴处凿藏冰井,每年冬天采冰储存,供宫廷夏天使用。这些建筑到梁武帝晚年,因侯景叛乱,兵困台城,遭受严重破坏。陈霸先建国以后,又重加修建。陈宣帝大建七年夏,因“甘露”频降,在覆舟山上兴建一座甘露亭,采集“甘露”,以宴群臣。南朝有名的文人如鲍照、颜延之、谢灵运、范哗、沈约等都在覆舟山、乐游苑活动过,留下不少绮丽的诗篇。
民国年间,在此建玄奘塔。玄奘塔下葬有唐代高僧玄奘的部分顶骨舍利。唐玄奘原葬于西安终南山紫阁寺塔,该塔后毁于战火。刘宋朝天圣五年(1027年),建康天禧寺和尚可政去紫阁寺,寻得玄奘顶骨,带回建康(今南京),埋于城南天禧寺。清咸丰年间,寺塔均毁于战火,玄奘灵骨下落不明。1943年2月,侵华日军高森部队在玄奘塔一带建"稻垣神社",施工中挖出玄奘顶骨,日本人欲占为已有,后经伪政府再三交涉,最终只留部分给中方。1943年2月23日,举行玄奘法师佛骨移交仪式,灵骨由汪伪外交部长褚民谊接收,安置于九华山寺供奉。1944年覆舟山建玄奘塔,该塔仿西安大雁塔式样,为5级4面砖塔,南面门楣上刻有"玄奘塔"三字,底层须弥座上刻有"玄奘法师灵骨"六宁。
由于玄奘法师为中国佛教的发展做出了重大贡献,唐太宗曾亲自为他所译的佛经作序。他不畏艰险、矢志不渝的精神激励了千万中国人。梁启超称他为“天下一完人”,鲁迅誉之为“民族脊梁”。
1978年,覆舟山辟为公园,山上建筑为一殿一塔,配以凉亭。2003年成立玄奘寺。